赤字会社と黒字会社の合併で失敗しない！～適格合併の実践ステップと税務調査対策【後編】～

2026.08.20

こんにちは。福岡の税理士法人武内総合会計です。

グループ内に赤字会社を抱える社長や、M&Aを検討している経営者様から、節税のため黒字の会社と赤字の会社を合併させたい、というご相談をいただくことがあります。

結論からお伝えすると、条件さえクリアすればグループ企業内での税負担が軽減される可能性があります。

しかし、税務署も「節税目的だけの駆け込み合併」には非常に厳しい目を光らせています。やり方を間違えると、節税どころか多額の追徴課税を受けるリスクがあります。

前編では、赤字会社と黒字会社を合併する際、「適格合併」の要件を満たさなければ思わぬ課税リスクが生じること、そして赤字（繰越欠損金）の引き継ぎには厳しい制限があることをお伝えしました。

後編では、社長が事前に準備しておくべき重要書類や対応策、税務調査で突っ込まれないための事前準備について具体的に解説します。

合併の契約書を作る前に、まずは以下の3点を事前にシミュレーションすることが極めて重要です。

合併する会社同士の資本関係（100%子会社なのか、50%超なのか）が「5年以上」続いているかを確認します。5年以上経過していれば、赤字引き継ぎの制限が大幅に緩和されます。

引き継ぎたい赤字が「いつ発生したものか」を特定します。合併の制限ルールにより、「グループになる前に生じた過去の赤字」などは相殺に使えないケースがあります。

「なぜ今、この2社を統合するのか？」を経営面から説明できるように準備します。

こうした「税金以外の経営上のメリット」が明確であればあるほど、税務署からの指摘リスクは下がります。

会社の合併には、税理士だけでなく司法書士や法務の専門家と連携した厳密な手続きが必要です。

【大まかな合併の流れ】

スケジュール不足：債権者保護手続きなど、法律で「最低1ヶ月間置かなければならない期間」が存在するため、決算日に合わせようとして慌てても間に合わないことがあります。
届出書の提出期限漏れ：合併後、税務署へ提出する届出書（適格合併に該当する旨の届出や、青色申告の承認申請など）の期限を1日でも過ぎると、本来得られるはずだった節税メリットを逃してしまう恐れがあります。

合併後の税務調査では、必ずと言っていいほど「適格合併の判定理由」や「繰越欠損金の引き継ぎ計算」がチェックされます。

調査官に「これは節税目的の不自然な合併ですね」と指摘を受けないために、以下の資料を合併時に作成・保存しておくことを強くおすすめします。

まとめ：適格合併は「事前シミュレーション」が9割

赤字会社との合併は、正しく活用すれば企業の財務体質を強化し、再スタートを切るための非常に有効な手段です。

「うちのケースは赤字を引き継げるのだろうか？」「スケジュール的に今期に間に合うか？」など、少しでも不安がある場合は、計画の初期段階でぜひ一度専門家にご相談ください。

━━━━━━━━━━━━━

税理士法人武内総合会計

〒810-0073

福岡県福岡市中央区舞鶴2丁目8-20

TEL：092-781-0251

━━━━━━━━━━━━━

合併を検討したときに「最初に行うべき3つの確認」